PAXA（Pokémon Aerospace eXploration Agency）に訪れたサトシたち。
ここは宇宙の研究・開発を行う機関として、日々さまざまな活動を行っている。
PAXAに所属する宇宙飛行士のおねえさんから、宇宙の素晴らしさ、
宇宙に存在するポケモンたちの可能性の話を聞き、サトシたちは大興奮！
一方で、”宇宙のゴミ”と呼ばれる「スペースデブリ」の問題によって、
とても危険な状況にあるという話を聞いていると、突然サイレンが鳴り響いた！
なんと、PAXAを乗っ取って自分達の基地にしようとロケット団が悪だくみをし、
この施設内に潜入したようだ！これは大変だ！
そんな中、人工衛星をコントロールするシステムにトラブルが発生！
このままでは、人工衛星と巨大なデブリがぶつかって、
さらにスペースデブリが増えてしまう恐れが…
スペースデブリがこれ以上この星の宇宙（そら）を埋め尽くしてしまうと、
人類は永遠に宇宙への道を閉ざされ、二度と宇宙へ行けなくなってしまう・・・
そうなったら、宇宙にいるポケモンたちにも会いに行けなくなっちゃう！？
この星・・・いや、宇宙の大ピンチにサトシ達が取った行動は…！？
宇宙を埋め尽くす無数の脅威！仲間と力を合わせ、キズナで未来を切り拓け！
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