満天の夜空、月を見上げているサトシたち。
その時、背後からロケット団が忍び寄り、ピカチュウをさらっていってしまった！！

ロケット団を追いかけるサトシたちは、夜の森を抜け、
謎の古代遺跡「テンキュウギ」にたどり着く。

そこには、今まで見たこともないような、不思議な空間が広がっていた。
暗闇の中に浮かぶ、３つの球体。
壁に描かれた、神秘的な壁画。
そして、闇の向こうから聞こえてくる、助けを求めるピカチュウの声・・・。

サトシたちは、このテンキュウギに隠された謎を解き明かし、
ピカチュウを取り戻すことができるのか？！